Es gibt allerdings gelegentliche Einzelfälle, bei denen sich nach einer Vasektomie chronische Schmerzen entstehen. Manchmal sind diese verursacht durch sogenannte Spermagranulome oder Fadengranulome, die ähnlich der Vasektomie selbst rasch und unkompliziert in Lokalanästhesie entfernt werden können. 

Meist handelt es sich allerdings über ein sogenanntes 'Post-Vasektomie-Schmerzsyndrom' (post vasectomy pain syndrome), welches kurz nach der Vasektomie oder auch erst mit längerer Verzögerung beginnen. Die eigentliche Ursache ist unbekannt, die meisten Patienten hatten unmittelbar nach der Vasektomie keine Auffälligkeiten. Es wird angenommen, dass die Schmerzen durch den Rückstau der Samenflüssigkeit in den Nebenhoden entstehen. 

Viele Kollegen die Sterilisationen durchführen wissen weder um das Post-Vasektomie-Schmerzsyndrom, noch wie sie es behandeln sollen. Gerne werden Antibiotika und hochpotente Schmerzmittel verordnet oder Lokalanästhetika appliziert, üblicherweise ohne nachhaltigen Erfolg. Daher wird häufig eine psychische Ursache attestiert - offenbar käme der Betroffene mit dem Verlust der Männlichkeit nicht zurecht und möge sich professionelle Hilfe beim Psychiater oder dem Klinischen Psychologen suchen.