Harnsteine bilden sich üblicherweise innerhalb der Niere. Im Nierenbecken können sie über einen längeren Zeitraum liegenbleiben und zwar weiterwachsen, verursachen hier aber meistens keine Beschwerden. Erst wenn sie sich lösen und in den Harnleiter weiterwandern, verursachen sie schmerzhafte Nierenkoliken.

Kleinere Steine können dabei von selber abgehen. Bei kleiner Steingröße und erträglichen Schmerzen versucht man daher meistens, dies eine Zeitlang abzuwarten bevor man sich zu einer operativen Behandlung entschließt. Währenddessen werden Medikamente verabreicht, die die Schmerzen lindern und die Steinpassage beschleunigen sollen. 

Sonst wird als Erstmaßnahme bei einer Nierenkolik üblicherweise eine Harnleiterschiene gelegt, um die Blockade des Harnleiters durch den Stein zu überbrücken. Der der Urin kann so wieder ungehindert in die Blase abfließen.

Bei ausreichend weitem Harnleiter kann der Stein aber auch gleich mittels Harnleiterspiegelung (URS, Ureteroskopie) zerkleinert und geborgen werden, andernfalls erfolgt dies idealerweise um 1-2 Wochen verzögert nach Harnleiterschienung.

Nach jeder Harnleiterspiegelung kann es zu einer Schleimhautschwellung kommen, die wiederum den Abfluss verlegen und zu neuerlichen Schmerzen führen könnte. Daher wird nach jeder Harnleiterspiegelung nochmals für einige Tage eine Harnleiterschiene eingelegt, die ambulant bzw. auch in der Ordination entfernt werden kann.

Nierenbeckensteine können ebenfalls mit einer Nierenbeckenspiegelung mit einem flexiblen Gerät (flexible Ureterorenoskopie) behandelt werden.

Als schonende, nichtinvasive Alternative bietet sich eine Steinzertrümmerung mit Schalldruckwellen von außen an (ESWL, extrakorporale Stoßwellenlithotripsie) an. Das Verletzungsrisiko ist dabei minimal, allerdings müssen die entstandenen Steinfragmente dann im Laufe der Zeit von selber abgehen und können wiederum Nierenkoliken auslösen. Zeit und Geschwindigkeit der Steinelimination kann dabei leider kaum beeinflusst werden.

Bei sehr großen Steinen im Nierenbecken erzielt man mit flexibler URS oder ESWL häufig keine zufriedenstellenden Behandlungsergebnisse. Eine Steinentfernung kann in diesem Fall entweder über einen Stichkanal von außen in die Niere (PCNL, percutane Litholapaxie), oder mittels Bauchspiegelungsoperation (laparoskopische Litholapaxie) bewerkstelligt werden. 

Die Entscheidung über die optimale Behandlungsart eines Nierenbeckensteines hängt von zahlreichen Faktoren ab, wie die zu erwartende Zusammensetzung des Steines, seine Größe und Lage im Nierenbecken. Jedoch spielen auch patientenabhängige Faktoren eine wichtige Rolle, wie Körperfülle oder eine Blutverdünnungstherapie die nicht pausiert werden darf, die Anatomie des Nierenbeckens und - nicht zuletzt - Ihre persönlichen Präferenzen und Ihr Terminkalender.  

Nach erfolgreicher Steinbehandlung wird ein Steinfragment zur chemischen Untersuchung eingesandt. Vor allem bei wiederkehrendem Steinleiden können dann je nach Zusammensetzung gezielte Ernährungsempfehlungen gegeben oder eine weiterführende Stoffwechselabklärung veranlasst werden.

Eine Sonderstellung nehmen die Harnsäuresteine ein. Diese können auch ohne Operation medikamentös aufgelöst werden.